Грамматические основы 

Союзы 

Придаточные части выделены разными цветами

До сих пор историки не пришли к единому мнению о том (,) какой части нынешнего города соответствует летописный Елец (,) поскольку существуют разные убедительные гипотезы (,) одна из которых (4) связана с предположением (,) что город располагался на месте Лавского городища.

В предложении 5 грамматических основ: «историки не пришли»; «Елец соответствует»; «гипотезы существуют»; «одна из которых связана»; «город располагался». 

Запятая в цифре 1 выделяет придаточную часть с «КАКОЙ»: не пришли к единому мнению о том (о чём именно?), какой части нынешнего города соответствует летописный Елец.

Запятая в цифре 2 выделяет придаточную часть с «ПОСКОЛЬКУ»: не пришли к единому мнению о том (почему?), поскольку существуют разные убедительные гипотезы.

Запятая в цифре 3 выделяет придаточную часть с «КОТОРЫХ»: убедительные гипотезы (какие?), одна из которых связана с предположением.

Запятая в цифре 4 не ставится, так как нет условий и придаточная часть ещё не закончена (союзное слово «который» часто стоит не в самом начале придаточного предложения, кроме того, нет необходимости отделять его запятой от остального предложения). 

Запятая в цифре 5 выделяет придаточную часть с «ЧТО»: с предположением (каким?), что город располагался на месте Лавского городища.