(1)Всё, что сохранилось от прошлой жизни в твёрдых породах земной коры, мы называем природными ископаемыми, потому что оно находится глубоко под землёй, образуя месторождения. (2)Обычно лучше всего сохраняются растения, разумеется, их прочные стволы. (3)Они могут пропитаться растворами разных минеральных солей, окаменеть и сохраниться под толстыми слоями других растений, горных пород, ила. (4)Со временем из этого получается каменный уголь, который называют солнечной энергией, заключённой в камень. (5)От животных чаще остаётся только скелет, потому что ткани их тел быстро гниют и полностью разлагаются, а то, что разлагается не полностью, превращается в нефть.

РЕШЕНИЕ:

1) называем (предложение 1) – неверно. В предложении есть подлежащее и сказуемое: «мы называем». 

2) сохраняются стволы (предложение 2) – неверно. Грамматическая основа выглядит иначе: «сохраняются растения, стволы».

3) они могут пропитаться, окаменеть (и) сохраниться (предложение 3) – верно. Есть подлежащее и составные глагольные сказуемые: «они могут пропитаться, окаменеть и сохраниться». 

4)который называют (предложение 4) – неверно. В состав грамматической основы входит только составное именное сказуемое: «называют энергией». 

5) остаётся скелет (предложение 5) – верно. Грамматическая основа указана верно: «остаётся скелет».