Уникальность Соловецкого архипелага, (1) расположенного в Онежском заливе Белого моря (2) и состоящего из шести крупных островов, (3) в том, (4) что здесь удивительным образом слились воедино тысячелетия истории России. Это (5) стоянки древних людей, (6) монастырские святыни, (7) памятники советского прошлого в сочетании с потрясающим природным ландшафтом, (8) древние святилища III–II тысячелетия до н.э., (9) включающие в себя знаменитые северные лабиринты.

1, 3 – ставятся запятые; мы можем заметить однородные причастные обороты «расположенного в Онежском заливе Белого моря и состоящего из шести крупных островов», определяемое слово – «архипелага» – стоит до причастных оборотов => ставим запятые.

2 – запятая не ставится; перед нами однородные причастные обороты «расположенного в Онежском заливе Белого моря и состоящего из шести крупных островов», соединенные союзом «И».

4 – ставится запятая; от главного предложения: «Уникальность Соловецкого архипелага…в том» – можем задать вопрос – в чём? – к придаточной части: «что здесь удивительным образом слились воедино тысячелетия истории России», где «что» является подчинительным союзом, а «слились тысячелетия» – отдельная грамматическая основа.

5 – запятая не ставится; нет причин.

6, 7, 8 – ставятся запятые; однородные члены предложения: «стоянки, святыни, памятники, святилища». Можем представить в виде схемы: «О, О, О, О» – между первым и вторым, вторым и третьим, третьим и четвёртым однородными членами предложения нет союзов, они связаны при помощи интонации => мы ставим запятые.

9 – ставится запятая; мы можем заметить причастный оборот «включающие в себя знаменитые северные лабиринты», определяемое слово – «святилища» – стоит до причастного оборота => ставим запятую.