Грамматические основы 

Союзы 

Придаточные части выделены разными цветами

Леон Кеннеди был завербован в качестве агента (,) потому что (,) когда произошла биологическая катастрофа в Ракун-Сити (,) он находился в центре событий (4) и был готов действовать решительно (,) и теперь ему предстояло спасти дочь президента Соединённых Штатов (,) путь которой он проследил до уединённой европейской деревни (,) где жители ведут себя крайне странно.

В предложении 6 грамматических основ: «Леон Кеннеди был завербован»; «произошла катастрофа»; «он находился, был готов действовать»; «предстояло спасти»; «он проследил»; «жители ведут себя странно». 

Запятые в цифрах 1 и 5 выделяют придаточную часть с «ПОТОМУ ЧТО»: Леон Кеннеди был завербован в качестве агента (почему?), потому что он находился в центре событий и был готов действовать решительно.

Запятая в цифре 2 (на стыке союзов «ПОТОМУ ЧТО», «КОГДА») ставится, так как далее есть свободное предложение, куда можно перенести первый союз из пары – «ПОТОМУ ЧТО» («потому что он находился в центре событий и был готов действовать решительно»). 

Запятые в цифрах 2 и 3 выделяют придаточную часть с «КОГДА» (находится внутри главной): он находился в центре событий (в какой момент? когда?), когда произошла биологическая катастрофа в Ракун-Сити.

Запятая в цифре 4 не нужна, так как сочинительный союз «И» соединяет однородные сказуемые («находился», «был готов действовать»). 

Запятые в цифрах 6 и 7 выделяют придаточную часть с «КОТОРОЙ»: дочь президента Соединенных Штатов (какую?), путь которой он проследил до уединённой европейской деревни.

Запятая в цифре 7 также ставится и потому, что выделяет придаточную часть с «ГДЕ»: европейской деревни (какой?), где жители ведут себя крайне странно.