Грамматические основы 

Союзы 

Придаточные части выделены разными цветами

Джордахи жили в том же доме (,) где находилась их булочная (,) но не было двери (,) которая бы вела из лавки непосредственно на верхние этажи (,) и (,) пока мать проходила мимо витрины (,) Рудольф удивился: несмотря на то что Мэри – еще молодая женщина (7) и ей совсем недавно исполнилось сорок лет (,) она уже поседела (9) и выглядела как старуха.

В предложении 9 грамматических основ: «Джордахи жили»; «находилась булочная»; «не было»; «которая бы вела»; «мать проходила»; «Рудольф удивился»; «Мэри – женщина»; «исполнилось сорок лет»; «она поседела, выглядела».

Запятые в цифрах 1 и 2 выделяют придаточную часть с «ГДЕ»: жили в том же доме (каком?), где находилась их булочная. 

Запятые в цифрах 3 и 4 выделяют придаточную часть с «КОТОРАЯ»: двери (какой?), которая бы вела из лавки непосредственно на верхние этажи.

Запятая в цифре 5 (на стыке союзов «И», «ПОКА») ставится, так как далее есть свободное предложение, куда можно перенести первый союз из пары – «И» («и Рудольф удивился»). 

Запятые в цифрах 5 и 6 выделяют придаточную часть с «ПОКА»: Рудольф удивился (в какой момент?), пока мать проходила мимо витрины.

Запятая в цифре 8 выделяет однородные придаточные части, присоединённые к главной при помощи «НЕСМОТРЯ НА ТО ЧТО»: она уже поседела и выглядела как старуха (невзирая на что? вопреки чему?), несмотря на то что Мэри – еще молодая женщина и (невзирая на что? вопреки чему?) [несмотря на то что] ей совсем недавно исполнилось сорок лет. 

Поскольку упомянутые придаточные части являются однородными (отвечают на один вопрос, относятся к одной главной части) и соединены сочинительным союзом «И», запятой они не разделяются. Следовательно, на месте цифры 7 знак не требуется.

Запятая в цифре 9 не ставится, так как нет условий: союз «И» соединяет однородные сказуемые («поседела», «выглядела»), поэтому запятая между ними не нужна.