Грамматические основы 

Союзы

Придаточные части выделены разными цветами

Когда юноша вышел из-за угла (,) я резко остановилась (,) поскольку (3) очень испугалась его странного вида и подумала (,) что этот незнакомец (,) чьи глаза были будто стеклянные (,) хочет мне навредить. 

В предложении 5 грамматических основ: «юноша вышел»; «я остановилась»; «испугалась, подумала»; «незнакомец хочет навредить»; «глаза были будто стеклянные».

Запятая в цифре 1 отделяет придаточную часть, присоединенную к главной при помощи «КОГДА»: остановилась (в какой момент? когда?), когда юноша вышел из-за угла.

Запятая в цифре 2 отделяет придаточную часть, присоединенную к главной при помощи «ПОСКОЛЬКУ»: остановилась (почему?), поскольку очень испугалась его странного вида и подумала.

Запятая в цифре 3 не ставится, так как нет условий и придаточная часть ещё не закончена (отдельно запятыми союзы не выделяются). 

Запятая в цифре 4 отделяет придаточную часть, присоединенную к главной при помощи «ЧТО»: подумала (о чём?), что этот незнакомец хочет мне навредить. 

Запятые в цифрах 5 и 6 выделяют придаточную часть, присоединённую к главной с помощью «ЧЬИ»: незнакомец (какой?), чьи глаза были будто стеклянные.