Грамматические основы 

Союзы
Придаточные части выделены разными цветами

Он с трудом брёл в снегу (,) и (,) хотя миновало уже больше двух часов (,) он прошёл не больше мили (,) когда вконец выбился из сил.

В предложении четыре грамматические основы: «он брёл»; «больше двух часов миновало»; «он прошёл»; «выбился из сил».

Запятая в цифре 1 ставится, так как предложение закончилось и больше нигде не продолжается; сочинительный союз «И» соединяет две грамматические основы: «он брёл», «он прошёл».

Запятая в цифре 2 (на стыке союзов «И», «ХОТЯ») ставится, так как далее есть свободное предложение, куда можно перенести первый союз из пары – «И» («и он прошёл не больше мили»). 

Запятые в цифрах 2 и 3 выделяют придаточную часть с «ХОТЯ»: он прошёл не больше мили (вопреки чему? несмотря на что?), хотя миновало уже больше двух часов.

Запятая в цифре 4 выделяет придаточную часть с «КОГДА»: он прошёл не больше мили (когда? в какой момент?), когда вконец выбился из сил.