(1)Рюриково Городище – замечательный памятник IX века, находящийся неподалёку от Великого Новгорода, у истока реки Волхов из озера Ильмень, почти напротив Юрьева монастыря. — запятые при причастном обороте (памятник (какой? что делающий?), находящийся неподалёку от Великого Новгорода); запятая при уточняющем члене предложения (вторая и третья запятые выделяют уточняющее обстоятельство места: «неподалёку» (где именно?) «у истока реки Волхов из озера Ильмень, почти напротив Юрьева монастыря»; не путать с приложением: оно отвечает на вопросы «кто именно?»/«что именно?»)

(3)Историки предполагают: именно в Городище была резиденция легендарного Рюрика, основателя первой династии русских правителей – Рюриковичей. — запятая при приложении (происходит пояснение существительного существительным: Рюрика (кого именно?), основателя первой династии русских правителей – Рюриковичей)

(5)Новгород основали ниже по течению Волхова, когда Старый город, который был окружён непригодными для жилья заливными лугами, стал маловат для растущего населения. — запятые в сложноподчинённом предложении (перед нами три грамматические основы: «основали»; «который был окружён»; «Старый город стал маловат»; придаточные части присоединяются при помощи союза «когда» и союзного слова «который»)

(6)В 1103 году по приказу Мстислава Владимировича, сына князя Владимира Мономаха, русским зодчим Петром в Городище был воздвигнут Благовещенский собор. — запятые при приложении (происходит пояснение существительного существительным: по приказу Мстислава Владимировича, (кого именно?) сына князя Владимира Мономаха)