Грамматические основы 

Союзы 

Придаточная часть выделена цветом

После замечаний инструктора (1) ребята зашагали быстрее (,) и (,) когда стало смеркаться (,) до места ночлега оставалось всего три километра.

В предложении 3 грамматические основы: «ребята зашагали»; «три километра оставалось»; «стало смеркаться».

В цифре 1 запятая не нужна, так как предложение не закончено и отсутствуют условия для постановки знака препинания.

В цифре 2 запятая разделяет грамматические основы  «ребята зашагали»,  «три километра оставалось», соединённые союзом  «И» (сложносочинённое предложение). 

На  стыке союзов «И», «КОГДА» (в цифре 3) запятая ставится, так как дальше есть свободное предложение (без союзов), к которому можно присоединить союз «И» («и до места ночлега оставалось всего три километра»).

Запятые в цифрах 3 и 4 обособляют придаточную часть, присоединенную к главной с помощью союза «КОГДА»: «три километра оставалось» (когда?), «когда стало смеркаться».